熱蓋——現在的PCR儀一般均配備熱蓋，熱蓋溫度設為105℃，使樣本管頂部的溫度達到105℃左右，蒸發的反應液就不會產生凝集在管蓋上而改變反應體積，這樣用戶就無需再向反應管內加石蠟油，直接減少后繼反應的麻煩。如果是旋轉加壓的熱蓋就要特別小心，因為壓力到達時沒有明顯的提示，用戶需要根據經驗將熱蓋旋到合適位置，不太容易掌握。如果過松，熱蓋沒有充分接觸反應管而影響結果；如果過緊，則會導致反應管變形，甚至可能造成熱蓋的機械故障。*新的ESP技術是指熱蓋加熱時不接觸樣本管，避免加熱樣本管導致非特異產物，等加熱到設定溫度后熱蓋下降，將樣本管壓入加熱模塊，下降時間和壓力都由電子控制。  

樣本基座——PCR儀反應多在0.2或者0.5的管子中進行，多數PCR儀也配備了區別的可更換樣本槽適配區別的樣本管。eppendorf有一個有趣的設計，一個槽內帶有0.2和0.5兩種區別樣本孔，不需更換基座就可分別使用兩種區別的反應管，或者96孔板，加原位適配器就可變成原位PCR了。避免了換基座的麻煩。當然區別的反應管不可同時使用的，因為高度區別，熱蓋不能作用。ABI的9700就可更換區別的樣本槽，樣本槽系列擴增到從0.5到標準96孔，到雙384孔板，分別適合區別的需要，相當靈活。  

軟件——新的PCR儀都比較注重程序編寫的簡易性。大屏幕，顯示實時信息，***，記憶存儲多個程序、自動斷電保護等都有助于實驗室中的復雜環境使用。程序儲存方面，有人覺得儲存程序的多少似乎意義不太大，但是對于實驗人員多、PCR儀每天運作頻繁的實驗室來說，每個使用者獨立儲存自定義的PCR程序，確實能方便下一次的調用，會節約一些時間。